蛋白質水解酶(protease) 是一群專門分解蛋白質的酵素，這對細胞來說是非常危險的，因此必須受到嚴密的控制。蛋白質水解酶在細胞內被通常隔離在特定的胞器中以確定不會危及到細胞內其他的胞器。另一方面，蛋白質水解酶也被設計成只接受并降解被貼上標籤的蛋白。

蛋白質水解酶在細胞內存在于三個主要的位置。動物能將分泌蛋白質水解　至消化道中，而動物細胞是以不活化前驅物 (inactive precursor) 形式合成這些酵素，只有在分泌至動物細胞外后才具有活性

 

 溶小體 (lysosome) 是真核細胞內由膜包覆的一群胞器，內含有各式各樣的消化性酵素，包括各種蛋白質水解酶，同時也具有自我防衛的功能 (self-defense)。

真核細胞擁有一套類似但更為精密的結構稱為蛋白質降解 (proteasome)，這些桶狀結構 (cylindrical) 的蛋白分解體將活化部位隱藏在其中，在桶狀結構的兩端則由一群蛋白質形成的複合物 (complex) 覆蓋，這些蛋白質複合物能辨識并附著在已受損或細胞不想要的蛋白質。這些蛋白質被辨識的原因在于被泛素 (ubiquitin) 貼上了標籤。泛素是小分子的蛋白質，能固定在錯誤摺疊或是不想要的蛋白質，甚至有些只有在一段很短的時間被需要的蛋白質也會被泛素固定。